La FIBHGM es el instrumento del Hospital para la promoción, gestión y desarrollo de la investigación. Su órgano de gobierno (Patronato), que aprueba y controla las líneas de actuación de la FIBHGM, está formado por directivos del Hospital, un representante de la Dirección General de Investigación, Formación e Infraestructuras Sanitarias de la Consejería de Sanidad de la Comunidad de Madrid.

La FIBHGM no tiene presupuesto del Hospital ni de ningún otro organismo. Sus fondos provienen de ayudas para la investigación, convenios, donaciones, ensayos clínicos y regalías de sus patentes y registros. Como entidad sin ánimo de lucro, dedica todos sus ingresos - incluyendo los de gastos indirectos (overheads)-, a financiar las actividades de apoyo a la investigación, incrementar las infraestructuras de la misma y al funcionamiento de la propia FIBHGM.

Está dotada de personalidad jurídica propia, por lo que es una herramienta de gestión muy ágil. Está auditada, deposita sus cuentas en el Protectorado y el Registro de Fundaciones.